五芳齋高度重視食品安全、產品和服務的質量控制，實行垂直品控管理機制，對供應商準入和評審，原輔材料、包裝物的采購、驗收、入庫和存儲，生產操作規(guī)范，廠區(qū)和生產車間的環(huán)境衛(wèi)生，半成品、產成品的全過程監(jiān)視、檢測、存儲和運輸，員工健康和個人衛(wèi)生等各個環(huán)節(jié)的操作進行規(guī)范，嚴格的質量控制貫穿采購、生產、銷售、包裝及儲運等每個環(huán)節(jié)。

此外，公司十分注重對自主知識產權進行保護，專門成立了標準化管理組，指定專人負責開展專利的申請和保護工作。

五芳齋在全國同行業(yè)率先通過了ISO9001、ISO22000國際質量體系認證，后又導入ISO14001環(huán)境管理體系和OHSAS18001職業(yè)健康安全管理體系。